Convertir SDF a XLS

Los laboratorios suelen necesitar registros de compuestos en .xls porque un LIMS antiguo, una plantilla de informes o un cliente solo acepta libros de Excel 97–2003. El resultado útil suele ser una hoja de cálculo con propiedades e identificadores SDF, no un reemplazo químicamente editable del archivo de origen.

Qué puede contener un archivo SDF

.sdf es ambiguo. Por lo general, significa Structure Data File, un formato químico basado en MDL Molfile utilizado por químicos, proveedores de compuestos, bases de datos de screening, ChemDraw, software de BIOVIA, herramientas de ChemAxon, DataWarrior, Open Babel y flujos de trabajo de RDKit.

Un SDF químico es texto sin formato que contiene uno o más registros de moléculas. Cada registro puede contener una tabla de conectividad molecular, coordenadas, un título y etiquetas SD con nombre, como CAS_NUMBER, IC50 o Supplier; normalmente, los registros terminan con $$$$. Los bloques de moléculas pueden utilizar sintaxis V2000 o V3000.

Un archivo .sdf también puede ser una base de datos binaria de Microsoft SQL Server Compact. SQL Server Compact no es SQL Server, y su archivo de base de datos debe consultarse y exportarse con software compatible con SQL Server Compact, en lugar de abrirse con herramientas de formatos químicos.

Qué ofrece el formato XLS

.xls es el formato binario de libros de Excel 97–2003. A diferencia de CSV, puede conservar hojas de cálculo, fórmulas básicas, formato de celdas y varias tablas, lo que resulta útil cuando el destinatario requiere un libro de Excel antiguo.

Utilice XLS únicamente cuando sea necesario. Está limitado a 65.536 filas y 256 columnas por hoja de cálculo. .xlsx admite hojas de cálculo mucho más grandes y es la opción predeterminada más adecuada para los sistemas actuales compatibles con Excel.

Conversión de un archivo SDF químico

1. Abra el SDF en una aplicación de escritorio compatible con química, como DataWarrior. Utilice File → Open y, a continuación, compruebe que la aplicación reconoce los registros de moléculas y muestra las etiquetas SD como columnas de datos.
2. Compruebe los nombres de los campos, los valores ausentes, las unidades y los valores de etiquetas multilínea. Conserve un identificador de estructura y, cuando el destinatario necesite estructuras legibles por máquinas, añada una columna SMILES o InChI antes de la exportación.
3. Exporte la tabla como texto delimitado por tabulaciones o CSV utilizando File → Save As de DataWarrior o el comando de exportación. No dependa de un convertidor de documentos genérico para interpretar registros moleculares y etiquetas SD.
4. Abra el archivo de texto en Microsoft Excel o LibreOffice Calc. En el cuadro de diálogo de importación, seleccione el delimitador correcto y establezca explícitamente los números CAS, números de catálogo, códigos con ceros iniciales e identificadores numéricos largos como Texto.
5. Utilice File → Save As y seleccione Excel 97–2003 (.xls). Compruebe la advertencia de compatibilidad, las dimensiones de la hoja de cálculo y una muestra de los valores importados antes de distribuir el libro.

Para un procesamiento repetible, utilice RDKit u otro toolkit químico para extraer etiquetas SD seleccionadas y generar un CSV con una columna SMILES; después, convierta ese CSV en Excel o LibreOffice. Open Babel también puede inspeccionar y transformar archivos SDF, pero valide sus columnas generadas con respecto al origen, ya que las propiedades y los descriptores disponibles dependen del formato y las opciones seleccionados.

Para archivos CSV no confidenciales y ya tabulares, CloudConvert puede utilizarse para crear un libro XLS después de la extracción local del SDF. No debe considerarse un parser de SDF con reconocimiento químico, y no deben cargarse estructuras propietarias, datos de ensayos ni datos de proveedores salvo que la organización permita dicha transferencia.

Exportación de una base de datos SDF de SQL Server Compact

Abra una base de datos SDF con SQL Server Compact Toolbox u otra herramienta que utilice un proveedor compatible con SQL Server Compact. Proporcione la contraseña de la base de datos si el archivo está cifrado, ejecute una consulta para obtener las tablas y columnas necesarias y exporte el resultado como CSV. Importe ese CSV en Excel o LibreOffice Calc y guárdelo como .xls.

SQL Server Compact es un producto retirado de Microsoft, por lo que una aplicación de bases de datos actual podría no abrir el archivo sin el proveedor heredado adecuado. Una base de datos SDF no puede convertirse correctamente con DataWarrior, RDKit ni Open Babel.

Comprobaciones de compatibilidad

XLS no almacena de forma nativa una tabla de conectividad SDF editable. Conserve el SDF original para el intercambio químico y el archivado; coloque SMILES, InChI o texto de molfile en celdas de la hoja de cálculo únicamente cuando el software posterior necesite una estructura legible por máquinas. Las imágenes renderizadas de estructuras son adecuadas para la revisión, pero no constituyen datos químicos.

Excel puede cambiar automáticamente los valores que se parecen a fechas o a notación científica. La configuración de importación de texto evita pérdidas como que 001234 se convierta en 1234 y que los identificadores numéricos largos se redondeen. Compruebe también las etiquetas SD multilínea y el texto que supere el límite de 32.767 caracteres por celda de Excel, lo que puede requerir truncarlo, dividirlo o conservarlo en el SDF original.