Convertidor online gratuito de VSI a OME.TIFF

Qué es el formato VSI

VSI es un formato propietario de diapositivas virtuales utilizado por los escáneres Olympus de la serie VS y el software Olympus cellSens. Un conjunto de datos VSI puede contener imágenes de microscopía en mosaico y con varias resoluciones, múltiples canales, varios planos focales y metadatos de adquisición. Normalmente se encuentra junto con una carpeta complementaria que contiene datos de imagen, por lo que debe copiar todo el conjunto de datos original antes de la conversión; mover únicamente el archivo .vsi puede hacer que la diapositiva sea ilegible.

Qué es el formato OME-TIFF

OME-TIFF es un formato de microscopía basado en TIFF que almacena los píxeles junto con metadatos OME-XML que describen las dimensiones, los canales, los planos, los tamaños físicos de píxel y otra información de adquisición relacionada. Es compatible con Fiji, Bio-Formats, QuPath, napari con los plugins adecuados y muchas bibliotecas científicas de procesamiento de imágenes.

OME-TIFF es preferible cuando el software no puede leer VSI, cuando los conjuntos de datos deben intercambiarse entre aplicaciones de microscopía o cuando los metadatos deben conservarse en una estructura documentada. Puede utilizar compresión sin pérdida, como LZW, y puede escribirse como BigTIFF cuando el resultado supera el límite de tamaño del TIFF clásico.

Cómo convertir VSI a OME-TIFF

Uso de Bio-Formats

Bio-Formats es la opción de escritorio y de línea de comandos más directa, ya que incluye un lector VSI y un escritor OME-TIFF.

1. Instale Fiji, que incluye Bio-Formats, o descargue las herramientas de línea de comandos de Bio-Formats.
2. Mantenga juntos el archivo .vsi y su carpeta de datos asociada.
3. Para realizar una conversión desde la línea de comandos, ejecute:

bfconvert -compression LZW -overwrite input.vsi output.ome.tiff

Utilice BigTIFF para obtener un resultado muy grande:

bfconvert -bigtiff -compression LZW -overwrite input.vsi output.ome.tiff

Si el VSI contiene varias series de imágenes, revise primero la lista de series y convierta por separado las series necesarias. De lo contrario, Bio-Formats puede escribir varias series o generar nombres de salida basados en las series de origen. Un comando habitual para una serie específica es:

bfconvert -series 0 -compression LZW -overwrite input.vsi output-series-0.ome.tiff

Las opciones disponibles exactas dependen de la versión de Bio-Formats; ejecute bfconvert -help para verificarlas.

Uso de Fiji

1. Abra el conjunto de datos mediante Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
2. Seleccione el archivo VSI y conserve las dimensiones, los canales y las series originales en las opciones del importador.
3. Exporte la imagen abierta mediante File → Save As → OME-TIFF o utilice el exportador de Bio-Formats cuando esté disponible.
4. Seleccione la compresión LZW para un almacenamiento sin pérdida y elija BigTIFF si el resultado estimado supera los 4 GB.

En el caso de una imagen de portaobjetos completo, compruebe si el exportador seleccionado conserva una pirámide de varias resoluciones. Si exporta únicamente la resolución abierta actualmente, el resultado será un OME-TIFF válido, pero no una diapositiva piramidal equivalente.

Conversión sin software instalado

Puede convertir el archivo gratuitamente en el sitio web 101convert.com sin instalar software, siempre que el servicio acepte el conjunto de datos VSI y sus archivos asociados. Cargue el conjunto de datos completo cuando el convertidor solicite archivos complementarios y confirme que el OME-TIFF resultante contiene las series y los metadatos necesarios.

Calidad, compatibilidad y limitaciones

La compresión LZW no tiene pérdidas, por lo que conserva los valores de píxel y reduce el tamaño; la compresión JPEG puede introducir artefactos y no es adecuada cuando las mediciones cuantitativas dependen de los píxeles originales. Una conversión no puede restaurar información ausente del lector o exportador VSI, y es posible que algunas anotaciones específicas de Olympus, datos de la platina, detalles de la pirámide o metadatos propietarios no puedan asignarse a OME-XML.

Compruebe el resultado en Fiji o Bio-Formats comparando el ancho, la altura, el número de canales, la profundidad z, los puntos temporales, el tipo de píxel y el tamaño físico de píxel con el origen. Pruebe también el archivo en la aplicación de destino: un OME-TIFF conforme con los estándares puede contener metadatos válidos y, aun así, carecer de la disposición piramidal o de las anotaciones específicas del fabricante que requiere un visor de portaobjetos completos concreto.