Convertidor online gratuito de LIF a OME.TIFF

El software y los instrumentos de microscopía Leica suelen guardar las adquisiciones de imágenes multidimensionales como LIF, mientras que muchas herramientas de análisis, archivado e interoperabilidad esperan OME-TIFF. La conversión conserva los planos de imagen y, cuando el importador lo admite, los metadatos de microscopía en un formato basado en TIFF ampliamente legible.

Qué es el formato LIF

LIF es el contenedor propietario de Leica Microsystems para adquisiciones de fluorescencia, confocales y otros tipos de microscopía. Un solo archivo puede contener varias series de imágenes, canales, pilas z, puntos temporales, escenas y metadatos de adquisición. Leica LAS X y el software de imágenes Leica antiguo crean archivos LIF, por lo que son comunes cuando los datos se exportan directamente desde microscopios Leica.

Debido a que LIF es propietario y puede contener varias series independientes, los visores de imágenes normales a menudo solo muestran una parte de los datos o no pueden abrirlos.

Qué es el formato OME-TIFF

OME-TIFF almacena datos de imagen TIFF junto con metadatos OME-XML que describen dimensiones como el tamaño, los canales, la profundidad z, los puntos temporales, el tipo de píxel y la calibración física. Es compatible con Fiji, ImageJ, Bio-Formats, napari, OMERO, QuPath y otro software de imágenes científicas.

Use OME-TIFF cuando la aplicación receptora necesite un formato de microscopía abierto y documentado o cuando el conjunto de datos deba conservar su estructura multidimensional en lugar de reducirse a un JPEG plano o a un TIFF normal. Los conjuntos de datos grandes pueden escribirse como BigTIFF o como una secuencia OME-TIFF de varios archivos.

Cómo convertir LIF a OME-TIFF

Uso de Fiji y Bio-Formats

1. Instale Fiji, que incluye el lector y el escritor de Bio-Formats.
2. Abra el archivo con File → Open y seleccione sample.lif. En el cuadro de diálogo Bio-Formats Import Options, elija la serie necesaria. Active Use virtual stack para conjuntos de datos demasiado grandes para cargarlos en la memoria.
3. Para una única serie seleccionada, use Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter.
4. Establezca el nombre del archivo de salida como sample.ome.tiff, elija una compresión sin pérdida, como LZW, o ninguna compresión, y guarde el archivo.
5. Repita la exportación para cada serie LIF si el archivo contiene varias escenas o adquisiciones. Compruebe el archivo exportado volviéndolo a abrir con Bio-Formats y verificando los canales, los cortes z, los puntos temporales y la calibración de píxeles.

Uso de las herramientas de línea de comandos de Bio-Formats

Instale las herramientas de línea de comandos de Bio-Formats y ejecute:

bfconvert input.lif output.ome.tiff

Para convertir una serie de un LIF con varias series, especifique su índice de serie basado en cero:

bfconvert -series 0 input.lif output.ome.tiff

Para utilizar compresión LZW sin pérdida, use:

bfconvert -compression LZW input.lif output.ome.tiff

Compruebe el OME-XML y las dimensiones generadas con showinf output.ome.tiff, otra utilidad de línea de comandos de Bio-Formats. Para una conversión ocasional sin instalar software, puede utilizarse el convertidor gratuito de 101convert.com.

Calidad, compatibilidad y limitaciones

• Elija compresión sin pérdida o ninguna compresión para la microscopía cuantitativa; la compresión JPEG puede alterar los valores de intensidad e introducir artefactos.
• Un LIF puede contener varias series con diferentes dimensiones. Exportar únicamente la serie seleccionada actualmente no convierte las demás series.
• La compatibilidad con los metadatos OME-TIFF depende del lector. Verifique los nombres de los canales, las asignaciones de color, el tamaño físico de los píxeles, el espaciado z, los intervalos de tiempo y las fechas de adquisición después de la conversión.
• Los archivos muy grandes pueden superar los límites del TIFF clásico. Use BigTIFF o una opción OME-TIFF de varios archivos cuando el exportador la ofrezca y confirme que la aplicación de destino admite esa variante.
• No utilice la exportación de imágenes normal si es necesario conservar pilas z, series temporales, canales o metadatos de microscopía; utilice en su lugar la importación y exportación de Bio-Formats.