Convertidor online gratuito de NDPI a OME.TIFF

Qué es el formato NDPI

NDPI es el formato propietario de Hamamatsu para imágenes de portaobjetos completos. Los escáneres Hamamatsu NanoZoomer crean archivos NDPI al digitalizar portaobjetos de patología, a menudo junto con archivos de índice o metadatos asociados. Puede encontrarlos en Hamamatsu NDP.view2, NDP.view, QuPath, Fiji y otras aplicaciones que utilizan lectores Bio-Formats u OpenSlide.

Un archivo NDPI puede contener una imagen de muy alta resolución completa, niveles de visualización con reducción de resolución, varias series de imágenes y, en ocasiones, varios planos focales. Sus metadatos internos y su estructura piramidal son específicos del proveedor, por lo que es posible que los programas TIFF de uso general no lo abran correctamente.

Qué es el formato OME-TIFF

OME-TIFF es un formato basado en TIFF definido por Open Microscopy Environment. Almacena los datos de imagen en directorios TIFF y describe las dimensiones, los canales, los tamaños de píxel, los planos y otra información relacionada en metadatos OME-XML.

En el caso de las imágenes de portaobjetos completos, OME-TIFF puede contener niveles de resolución en mosaico y organizados en forma piramidal. Esto permite que los visores compatibles muestren primero una vista general pequeña y carguen únicamente los mosaicos de alta resolución necesarios para la navegación. El formato es compatible con Bio-Formats, Fiji, QuPath, napari con los complementos adecuados y muchos flujos de trabajo de microscopía.

OME-TIFF es útil cuando el software necesita un formato documentado e interoperable en lugar de un archivo específico del escáner. No reduce automáticamente el tamaño de una imagen; el tamaño de salida depende de los datos de origen, la configuración de los mosaicos, los niveles de la pirámide y la compresión.

Cómo convertir NDPI a OME-TIFF

Uso de Bio-Formats bfconvert

Bio-Formats es la opción de línea de comandos para escritorio más práctica para conservar los metadatos de microscopía y gestionar imágenes muy grandes. Instale el paquete Bio-Formats desde Open Microscopy Environment y, a continuación, ejecute bfconvert desde un terminal.

1. Coloque el archivo NDPI en una carpeta con suficiente espacio libre para la salida. Un OME-TIFF de un portaobjetos completo puede ocupar varios gigabytes.
2. Convierta la serie de imágenes seleccionada con una salida TIFF en mosaicos y sin pérdida:

bfconvert -overwrite -bigtiff -compression LZW input.ndpi output.ome.tiff

-bigtiff es adecuado para archivos que pueden superar el límite aproximado de 4 GB de TIFF clásico. LZW no tiene pérdida; utilice JPEG únicamente cuando un archivo más pequeño sea más importante que conservar cada píxel de origen.

Si el NDPI contiene varias series, consulte la lista de series de Bio-Formats y convierta la necesaria con una opción de serie como:

bfconvert -overwrite -series 0 -bigtiff -compression LZW input.ndpi output.ome.tiff

Para obtener una salida piramidal de un portaobjetos completo, utilice una versión actual de Bio-Formats que admita la escritura de pirámides:

bfconvert -overwrite -bigtiff -compression LZW -pyramid-resolutions 5 -pyramid-scale 2 input.ndpi output.ome.tiff

Esto crea cinco niveles de resolución con una reducción de dos veces entre niveles. Ajuste el número de niveles y la escala al visor de destino; los portaobjetos muy grandes suelen beneficiarse de las pirámides en mosaicos. Ejecute bfconvert sin argumentos o consulte la ayuda de la versión instalada, ya que las opciones de pirámide disponibles varían entre las versiones de Bio-Formats.

Uso de 101convert.com

También puede convertir el archivo en el sitio web 101convert.com de forma gratuita y sin instalar software. Cargue el NDPI, elija OME-TIFF como formato de salida, inicie la conversión y descargue el resultado. En el caso de portaobjetos clínicos o de investigaciones no publicadas, revise las condiciones de gestión y conservación del servicio antes de cargar los archivos; para archivos de portaobjetos completos de gran tamaño, el método de escritorio suele ser más práctico.

Calidad, compatibilidad y limitaciones

• La conversión no puede recuperar los detalles perdidos cuando el escáner almacenó el origen mediante compresión JPEG. Seleccionar LZW conserva los píxeles proporcionados por el lector NDPI, pero no restaura la información descartada.
• Bio-Formats transfiere los metadatos que puede interpretar, incluidas muchas dimensiones y tamaños de píxel físicos, pero es posible que los campos propietarios del escáner, las anotaciones, los datos de códigos de barras y las regiones específicas de la aplicación no se asignen por completo a OME-XML.
• Compruebe la salida en un visor de portaobjetos completos, como QuPath o Fiji con Bio-Formats. Confirme que la vista general, la vista de máxima resolución, la orientación, las dimensiones de píxel y la escala física sean correctas.
• Un OME-TIFF simple sin pirámide puede abrirse en software de microscopía, pero funcionar mal en visores de portaobjetos completos. Si la navegación es lenta o la aplicación informa de que faltan niveles de resolución, vuelva a generar un archivo piramidal en mosaicos.
• Conserve el NDPI original como fuente de archivo. El OME-TIFF es una copia para interoperabilidad y puede omitir metadatos específicos del escáner o series NDPI adicionales.