Convertidor online gratuito de ND2 a OME.TIFF

Los archivos ND2 de los sistemas de microscopía de Nikon suelen ser difíciles de abrir fuera de NIS-Elements, mientras que OME-TIFF es compatible con Fiji, ImageJ, napari, OMERO y otras herramientas de obtención de imágenes científicas. Convertir a OME-TIFF resulta útil para el análisis multiplataforma, el intercambio de datos y el archivado a largo plazo, ya que conserva los metadatos de microscopía multidimensionales.

Qué es el formato ND2

ND2 es el contenedor propietario de Nikon para las imágenes producidas por cámaras y microscopios Nikon, normalmente mediante NIS-Elements. Un solo archivo puede contener varios campos de visión, canales, pilas Z, puntos temporales, configuraciones del detector, posiciones de la platina y metadatos de adquisición. Los archivos ND2 son habituales en laboratorios que utilizan sistemas de obtención de imágenes de Nikon y pueden contener una serie de imágenes o varias series independientes.

Como ND2 es propietario, la compatibilidad depende del lector instalado. NIS-Elements proporciona el acceso más completo a los metadatos específicos de Nikon, mientras que la biblioteca Bio-Formats ofrece una amplia compatibilidad de lectura en Fiji, ImageJ y herramientas de línea de comandos.

Qué es el formato OME.TIFF

OME-TIFF es un formato de imágenes científicas basado en TIFF que almacena los datos de píxeles junto con metadatos OME-XML que describen dimensiones como X, Y, canal, Z y tiempo. Es compatible con Bio-Formats y muchas aplicaciones de microscopía, entre ellas Fiji, ImageJ, napari, QuPath, OMERO y bibliotecas de Python que utilizan Bio-Formats o tifffile.

OME-TIFF es preferible cuando el software debe interpretar un conjunto de datos como una imagen multidimensional en lugar de como páginas TIFF independientes. También proporciona un modelo de metadatos documentado y evita depender de software específico de Nikon. Los conjuntos de datos grandes pueden requerir BigTIFF, que admite archivos superiores al límite de tamaño del TIFF clásico; úselo cuando el convertidor ofrezca esa opción o cuando el archivo de salida supere aproximadamente los 4 GB.

Cómo convertir realmente ND2 a OME.TIFF

Uso de Fiji y Bio-Formats

1. Instale Fiji, que incluye el importador y exportador de Bio-Formats. Actualícelo mediante Help → Update Fiji para que el lector de ND2 esté actualizado.
2. Abra el archivo mediante File → Import → Bio-Formats y seleccione el archivo .nd2.
3. En el cuadro de diálogo Bio-Formats Import Options, active View stack with: Hyperstack cuando el archivo contenga dimensiones Z, de canal o de tiempo. Active Split into series solo si cada serie ND2 debe convertirse en un conjunto de datos de salida independiente.
4. Compruebe el orden de tamaños y los valores de las dimensiones que se muestran. Para una imagen grande, utilice una pila virtual solo para inspeccionarla; la exportación seguirá necesitando acceso a los datos originales.
5. Seleccione Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter, elija OME-TIFF como formato de salida si se ofrece y guarde el archivo con un nombre como sample.ome.tiff.
6. Vuelva a abrir el archivo exportado en Fiji con Bio-Formats y confirme las dimensiones de canal, Z y tiempo, el tipo de píxel, el número de series y los metadatos que se muestran en Image → Show Info.

Para realizar conversiones por lotes de forma repetible, instale las herramientas de línea de comandos de Bio-Formats y ejecute:

bfconvert -overwrite input.nd2 output.ome.tiff

Utilice un patrón de salida específico para cada serie cuando el ND2 contenga varias series, por ejemplo:

bfconvert -overwrite input.nd2 output_%s.ome.tiff

Ejecute bfconvert -help para consultar las opciones proporcionadas por la versión instalada de Bio-Formats. Pruebe un archivo antes de procesar un lote, ya que los nombres de las series y el comportamiento de la salida en varios archivos pueden variar según la versión del lector y la estructura de entrada.

Uso del convertidor en línea

Puede convertir el archivo gratuitamente en 101convert.com sin instalar software: cargue el archivo ND2, elija OME.TIFF como formato de destino, inicie la conversión y descargue el archivo resultante. Utilice la conversión en el escritorio para datos de microscopía confidenciales o conjuntos de datos que contengan información de adquisición que no deba cargarse.

Calidad, compatibilidad y limitaciones

• Elija una salida sin pérdidas. OME-TIFF normalmente conserva los valores de píxel cuando el origen se exporta sin escalado, compresión que modifique los datos ni conversión a una profundidad de bits inferior.
• No exporte una captura de pantalla RGB cuando el origen contenga canales científicos. Conserve los planos de canal originales y la profundidad de bits, como datos de 8 bits, de 12 bits almacenados en 16 bits o de 16 bits.
• Los metadatos de ND2 no se asignan perfectamente a OME-XML. Las configuraciones de adquisición específicas de Nikon, las anotaciones propietarias, los detalles de iluminación o la información del hardware pueden omitirse o representarse de otra manera.
• Algunos archivos ND2 contienen varias series. Un convertidor puede escribirlas en un único OME-TIFF o crear archivos independientes. Confirme el número de series después de la conversión en lugar de asumir que se incluyeron todos los campos de visión.
• OME-TIFF no siempre es un único archivo físicamente simple: las imágenes piramidales, la salida BigTIFF o las disposiciones de metadatos externos pueden afectar a la compatibilidad. Fiji y Bio-Formats son herramientas de validación adecuadas cuando otra aplicación no puede abrir el resultado.
• Conserve el ND2 original como registro de origen. El archivo convertido debe comprobarse para verificar sus dimensiones, calibración, nombres de canales, marcas de tiempo y posiciones de la platina antes de archivar el ND2 por separado o eliminarlo.