Convertidor online gratuito de NDPI a PNG

Los archivos NDPI son imágenes de microscopía whole-slide, mientras que PNG es compatible con editores de imágenes comunes, navegadores y software de presentaciones. La conversión resulta útil cuando necesita compartir una imagen de una preparación, anotar una región seleccionada o utilizar datos de microscopía en software que no puede leer el formato de Hamamatsu.

Qué es el formato NDPI

NDPI es el formato de patología digital de Hamamatsu para preparaciones de microscopio escaneadas producidas por los sistemas NanoZoomer. Normalmente contiene una pirámide de imágenes muy grande y de múltiples resoluciones, y también puede almacenar varios planos focales, imágenes de etiquetas y metadatos de la preparación.

Normalmente encontrará archivos NDPI en laboratorios de patología, investigaciones médicas, instalaciones universitarias de obtención de imágenes y conjuntos de datos exportados desde escáneres Hamamatsu NanoZoomer. Debido a que una preparación puede contener miles de millones de píxeles, un archivo NDPI es mucho más grande y complejo que una fotografía común. La compatibilidad varía según la aplicación; QuPath, Fiji con Bio-Formats y el software basado en OpenSlide pueden leer muchos archivos NDPI.

Qué es el formato PNG

PNG es un formato de imagen rasterizada sin pérdida compatible con navegadores web, editores de imágenes, software de oficina y la mayoría de los sistemas operativos. Conserva los valores exactos de los píxeles durante la codificación y admite transparencia, pero no conserva la pirámide de la preparación de NDPI, los datos de los planos focales, las anotaciones ni los metadatos del escáner de una forma generalmente utilizable.

PNG es adecuado para figuras, capturas de pantalla, regiones de tejido anotadas, informes y visualización web. Por lo general, no es adecuado como archivo de reemplazo de la preparación original, ya que una exportación de una preparación completa con resolución total puede ser extremadamente grande.

Cómo convertir realmente NDPI a PNG

Uso de 101convert.com

1. Abra el convertidor de NDPI a PNG en 101convert.com; el servicio se puede utilizar de forma gratuita sin instalar software.
2. Cargue el archivo .ndpi y seleccione PNG como formato de salida.
3. Inicie la conversión y descargue el archivo .png resultante cuando finalice el procesamiento.

En el caso de preparaciones muy grandes, los límites de carga, el tiempo de procesamiento y las dimensiones de salida pueden impedir una conversión completa con resolución total. Por lo general, es más práctico exportar una región seleccionada con software de patología de escritorio.

Uso de QuPath

1. Instale QuPath y abra el archivo NDPI con File → Open. QuPath utiliza la compatibilidad con Bio-Formats u OpenSlide según el archivo y la configuración.
2. Establezca la vista de la imagen en la ampliación necesaria. Para una preparación completa, utilice la función de exportación de imágenes; para una sección de tejido, defina primero una región rectangular o una anotación.
3. Seleccione File → Export image o el comando de exportación correspondiente en su versión de QuPath, elija PNG y establezca la resolución de salida o el factor de reducción de muestreo.
4. Exporte la imagen. Si el área seleccionada supera los límites de PNG o de memoria, exporte varios mosaicos en lugar de un único archivo enorme.

Uso de Fiji y Bio-Formats

1. Instale Fiji, que incluye el importador Bio-Formats.
2. Abra el archivo con File → Open o utilice Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. Seleccione en el importador la serie, el nivel de resolución y la región necesarios. Evite abrir la preparación completa con su resolución nativa a menos que el equipo disponga de suficiente memoria y almacenamiento.
4. Guarde la imagen mostrada o seleccionada con File → Save As → PNG.

Calidad, compatibilidad y limitaciones

La compresión PNG no tiene pérdida, pero la conversión no puede recuperar los detalles descartados al seleccionar un nivel inferior de la pirámide o reducir el muestreo. Registre el tamaño de píxel exportado, la ampliación y las coordenadas de la región si va a utilizar el PNG para mediciones o publicaciones.

Un PNG de una preparación completa puede superar los límites habituales de dimensiones de imagen o memoria. QuPath o Fiji pueden exportar de forma más fiable una vista general con reducción de muestreo o varios mosaicos separados que una única imagen con resolución nativa. Conserve el archivo NDPI original para uso diagnóstico, cuantitativo o archivístico, ya que PNG normalmente omite la pirámide de imágenes NDPI, los metadatos del escáner, las capas de enfoque y la estructura específica de patología.

Los archivos NDPI pueden contener información del paciente o de la muestra en los metadatos o nombres de archivo. Elimine la información identificativa antes de compartir las imágenes exportadas y verifique el PNG con un zoom del 100 % después de la conversión para comprobar el recorte, la orientación, el color y la resolución seleccionada.