Convertidor online gratuito de IMS a OME.TIFF

El software de microscopía y las plataformas de análisis de imágenes pueden requerir OME-TIFF en lugar del contenedor IMS nativo para lograr interoperabilidad, archivado o procesamiento posterior en Fiji y otras herramientas compatibles con OME. La conversión conserva los planos de imagen y los metadatos compatibles, a la vez que facilita el intercambio del conjunto de datos.

Qué es el formato IMS

IMS es el formato nativo de conjunto de datos multidimensionales de microscopía utilizado por Imaris de Bitplane, que ahora forma parte de Oxford Instruments. Generalmente es un contenedor basado en HDF5 para planos de imagen, canales, pilas Z, puntos temporales, varios niveles de resolución y determinados metadatos de adquisición.

Los archivos IMS son creados por Imaris y pueden producirse mediante flujos de trabajo de adquisición o análisis de microscopía que impliquen sistemas de imagen confocal, light-sheet, fluorescencia y otros sistemas de imagen 3D. Un archivo IMS también puede contener objetos específicos de Imaris, como superficies, puntos, trayectorias e información de la escena o del renderizado.

Qué es el formato OME.TIFF

OME-TIFF es un formato de microscopía basado en TIFF cuyos metadatos OME-XML describen dimensiones como el canal, Z, el tiempo, el tamaño de píxel y las unidades físicas. Fiji/ImageJ, Bio-Formats, napari, OMERO y muchas aplicaciones científicas de análisis de imágenes pueden leerlo.

OME-TIFF es útil cuando un conjunto de datos debe transferirse entre programas de microscopía sin depender de Imaris. Admite datos multidimensionales, compresión sin pérdida como LZW, almacenamiento en mosaicos y BigTIFF para archivos que superan el límite de tamaño del TIFF clásico.

Cómo convertir IMS a OME.TIFF

Uso de Bio-Formats desde la línea de comandos

1. Instale las herramientas de línea de comandos de Bio-Formats o utilice la instalación de Bio-Formats incluida con Fiji.
2. Ejecute bfconvert -compression LZW input.ims output.ome.tiff. LZW mantiene los valores de píxel sin cambios y reduce el tamaño del archivo.
3. Para un conjunto de datos muy grande, utilice BigTIFF y el almacenamiento en mosaicos: bfconvert -bigtiff -tilex 512 -tiley 512 -compression LZW input.ims output.ome.tiff.
4. Si el IMS contiene varias series de imágenes, inspeccione primero las series disponibles y exporte la necesaria con una opción de serie como bfconvert -series 0 input.ims output.ome.tiff. Exporte las series adicionales por separado cuando un único archivo de salida no pueda representarlas correctamente.

Uso de Fiji

1. Abra Fiji y seleccione File → Open; después, seleccione el archivo IMS. Bio-Formats debería abrirlo mediante Bio-Formats Importer.
2. Compruebe la configuración de series, canales, Z y puntos temporales en el importador. Evite seleccionar un único plano si necesita la pila completa.
3. Utilice Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter, seleccione OME-TIFF, elija LZW u otra opción sin pérdida y guarde el resultado con un nombre de archivo .ome.tiff.
4. Vuelva a abrir el archivo de salida con Bio-Formats y verifique sus dimensiones, el orden de los canales, el tipo de píxel y la escala física.

Uso del convertidor en línea

Puede convertir el archivo de forma gratuita en 101convert.com sin instalar software. La carga no es adecuada para datos de microscopía confidenciales o regulados, a menos que los requisitos de privacidad y conservación aplicables lo permitan; para conjuntos de datos grandes, Bio-Formats suele ser más práctico.

Calidad, compatibilidad y limitaciones

Bio-Formats transfiere los píxeles de imagen y los metadatos que tienen equivalentes en OME-TIFF, pero no reproduce los diseños de escena de Imaris, la configuración del renderizado volumétrico, las superficies, los puntos, las trayectorias, las anotaciones ni otros objetos de análisis como funciones nativas de OME-TIFF. Conserve el archivo IMS original si esos objetos pueden ser necesarios posteriormente.

Utilice una salida LZW o sin comprimir para imágenes cuantitativas. La compresión JPEG puede alterar los valores de intensidad y no es adecuada para mediciones. Los conjuntos de datos grandes de series temporales o 3D de alta resolución pueden requerir BigTIFF, y algunas aplicaciones no pueden leer BigTIFF ni todos los diseños multidimensionales de OME-TIFF.

Compruebe en el archivo convertido los nombres de los canales, el orden de los canales, el espaciado Z, el intervalo temporal, las dimensiones de los píxeles, la profundidad de bits y las unidades físicas. Las variantes de IMS propietarias o dañadas pueden fallar en versiones antiguas de Bio-Formats; actualizar Bio-Formats o Fiji puede resolver los problemas de compatibilidad del lector.