Convertidor online gratuito de OIF a OME.TIFF

Qué es el formato OIF

OIF, u Olympus Image Format, es un formato propietario utilizado por Olympus Fluoview y el software de microscopía cellSens relacionado, incluidos los conjuntos de datos de sistemas de imagen confocal, fluorescencia y otros. Puede contener datos de imagen multidimensionales, como canales, secciones Z, puntos temporales y varias series, junto con metadatos de adquisición.

Un conjunto de datos OIF suele ser más que un solo objeto del sistema de archivos: el archivo .oif puede depender de un directorio complementario como sample.oif.files. Mantenga juntos el archivo principal y su directorio complementario, y seleccione el archivo .oif en lugar de un TIFF interno individual. OIB es un formato Olympus relacionado que empaqueta una mayor parte del conjunto de datos en un solo archivo.

Qué es el formato OME.TIFF

OME-TIFF es un formato basado en TIFF que almacena planos de imagen junto con metadatos OME-XML que describen dimensiones, canales, tamaños físicos de píxel, puntos temporales e información de adquisición relacionada. Es compatible con Fiji, ImageJ, napari, QuPath, Bio-Formats y muchas otras herramientas de obtención de imágenes científicas.

Utilice OME-TIFF cuando la aplicación de destino necesite un formato documentado e interoperable en lugar de un almacenamiento específico de Olympus. Conserva la organización multidimensional de forma más fiable que la exportación de imágenes TIFF ordinarias independientes, aunque es posible que la configuración propietaria del microscopio y algunos metadatos del proveedor no tengan equivalentes directos en OME.

Cómo convertir realmente OIF a OME.TIFF

Uso de Fiji y Bio-Formats

1. Instale Fiji con sus componentes actuales de Bio-Formats.
2. Copie el archivo .oif y su directorio complementario en una carpeta local con permisos de escritura.
3. Abra el archivo mediante File → Open, seleccione el archivo OIF y permita que Bio-Formats lea el conjunto de datos.
4. En el cuadro de diálogo Bio-Formats Importer, conserve la serie y las dimensiones originales. Evite dividir los canales o las secciones Z, a menos que el programa receptor necesite archivos independientes.
5. Exporte la imagen cargada mediante Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter, seleccione OME-TIFF y guárdela con un nombre como sample.ome.tiff.

Si el conjunto de datos contiene varias series, exporte cada serie por separado cuando la aplicación de destino no pueda gestionar varias series en un solo OME-TIFF. Compruebe las opciones de importación o exportación antes de confirmar, ya que seleccionar únicamente la serie actual puede omitir otras posiciones de adquisición o conjuntos de imágenes.

Uso de Bio-Formats desde la línea de comandos

Bio-Formats proporciona la utilidad bfconvert para realizar conversiones repetibles. Con las herramientas de línea de comandos de Bio-Formats instaladas, ejecute:

bfconvert -compression LZW sample.oif sample.ome.tiff

LZW es una compresión sin pérdida. Para un conjunto de datos que supere el límite de tamaño convencional de TIFF, solicite una salida BigTIFF cuando la versión instalada de Bio-Formats lo admita:

bfconvert -compression LZW -bigtiff sample.oif sample.ome.tiff

Utilice la ruta exacta al archivo OIF, conserve su directorio complementario y revise la salida del comando para comprobar las series y dimensiones detectadas. Las opciones varían ligeramente entre las versiones de Bio-Formats, por lo que debe ejecutar bfconvert -help si se rechaza -bigtiff u otra opción.

Uso del convertidor en línea

Puede convertir el archivo de forma gratuita en 101convert.com sin instalar software. Dado que los conjuntos de datos OIF pueden contener experimentos confidenciales y pueden incluir archivos complementarios o planos de imagen muy grandes, verifique que el servicio acepte el conjunto de datos completo y que su carga cumpla con la política de datos de su laboratorio o institución.

Calidad, compatibilidad y limitaciones

• La compresión LZW sin pérdida no altera los valores de píxel; la compresión JPEG u otra compresión con pérdida puede introducir artefactos y, por lo general, no es adecuada para la microscopía cuantitativa.
• Verifique el ancho, la altura, la profundidad de bits, el número de canales, el número de posiciones Z, los puntos temporales, el tamaño físico de píxel y los nombres de los canales después de la conversión. Abra el resultado en Fiji u otro lector de Bio-Formats y compárelo con el original.
• La configuración que solo afecta a la visualización, como las LUT, los rangos de contraste, las anotaciones, el estado de la interfaz gráfica del microscopio y los parámetros de adquisición propietarios, puede omitirse o representarse de forma diferente incluso cuando se conservan los datos de píxel.
• Los archivos OME-TIFF grandes pueden requerir compatibilidad con BigTIFF tanto en el exportador como en la aplicación receptora. Algunos programas también gestionan mejor un conjunto de archivos OME-TIFF complementarios que un único archivo muy grande.
• No elimine el conjunto de datos OIF original hasta haber comprobado el archivo convertido; OME-TIFF no puede garantizar una conversión de vuelta completa a todas las funciones específicas de Olympus.