Convertidor online gratuito de OIF a TIFF

El software de microscopía y los sistemas de análisis de imágenes suelen requerir TIFF en lugar de Olympus OIF, especialmente al importar imágenes en herramientas sin compatibilidad nativa con OIF. TIFF también proporciona un formato más portátil para la edición, la publicación y el almacenamiento de archivos.

Qué es el formato OIF

OIF, u Olympus Image Format, es un formato propietario de microscopía creado por Olympus FluoView y otros sistemas de obtención de imágenes de Olympus. Puede almacenar datos de imágenes multidimensionales, incluidos canales, pilas Z, puntos temporales, varias series, configuraciones de adquisición y metadatos del microscopio.

Un conjunto de datos OIF puede incluir el archivo principal .oif y un directorio complementario como sample.oif.files. Mantenga el archivo y su directorio complementario juntos; mover únicamente el archivo .oif puede hacer que el conjunto de datos sea ilegible o eliminar planos de imagen.

Qué es el formato TIFF

TIFF es un formato raster ampliamente compatible utilizado por editores de imágenes, software de publicación, sistemas de documentos y aplicaciones de análisis científico. Admite imágenes en escala de grises, RGB y con una profundidad de bits elevada, y puede utilizar compresión LZW o ZIP sin pérdida.

TIFF es adecuado cuando la compatibilidad es importante, pero un TIFF convencional puede no conservar todas las características de OIF. Para datos de microscopía multidimensionales, normalmente es preferible OME-TIFF, ya que almacena metadatos estandarizados para canales, cortes Z, puntos temporales y series de imágenes.

Cómo convertir OIF a TIFF

Uso de Fiji y Bio-Formats

1. Instale Fiji, que incluye el importador Bio-Formats.
2. Abra el conjunto de datos con File → Open, seleccione el archivo .oif y permita que Bio-Formats cargue los archivos complementarios.
3. En el cuadro de diálogo Bio-Formats Import Options, elija la serie necesaria y establezca View stack with en Hyperstack si el archivo contiene dimensiones Z, de canal o temporales.
4. Para un plano único o una pila convencional, utilice File → Save As → Tiff. Para un conjunto de datos multidimensional, utilice el exportador de Bio-Formats o guárdelo como OME-TIFF cuando esté disponible.
5. Elija una compresión sin pérdida, como LZW o ZIP. No seleccione compresión JPEG para imágenes de microscopía cuantitativa.

Uso de Bio-Formats desde la línea de comandos

La utilidad bfconvert de Bio-Formats puede leer OIF y escribir TIFF sin abrir una interfaz gráfica:

bfconvert -compression LZW sample.oif sample.tif

Utilice un nombre de salida OME-TIFF y las opciones adecuadas de Bio-Formats cuando la imagen contenga varios canales, planos focales, puntos temporales o series. Verifique el archivo generado en Fiji u otro visor compatible con Bio-Formats.

Conversión en línea

101convert.com puede convertir archivos en línea de forma gratuita sin instalar software. Cargue el conjunto de datos OIF completo cuando el convertidor acepte archivos complementarios; de lo contrario, utilice Fiji y Bio-Formats, ya que un archivo .oif independiente puede no contener todos los datos de imagen.

Calidad, compatibilidad y limitaciones

Compruebe que el ancho, la altura, la profundidad de bits, el número de canales, los cortes Z y los puntos temporales del TIFF exportado coincidan con los del archivo de origen. Algunos exportadores combinan los canales o guardan únicamente el plano que se muestra actualmente.

Utilice TIFF de 16 bits para datos de origen de 16 bits y evite convertir a 8 bits, a menos que la aplicación de destino lo requiera; reducir la profundidad de bits elimina permanentemente niveles de intensidad. La compresión sin pérdida conserva los valores de los píxeles, mientras que la compresión JPEG puede introducir artefactos.

El TIFF estándar tiene límites de tamaño prácticos de alrededor de 4 GB. Los conjuntos de datos OIF grandes pueden requerir compatibilidad con BigTIFF u OME-TIFF en la aplicación de destino. Es posible que las configuraciones de adquisición propietarias, los datos de calibración del microscopio, las anotaciones y algunos metadatos de Olympus no sobrevivan a la conversión, por lo que debe conservar el conjunto de datos OIF original para archivarlo.