Convertidor online gratuito de VSI a TIFF

Qué es el formato VSI

VSI es un formato propietario de portaobjetos virtuales utilizado por Olympus, ahora Evident, en escáneres de microscopía como el VS-120. OlyVIA y otros programas de imágenes de Olympus crean y abren archivos VSI para la microscopía de portaobjetos completos.

Un conjunto de datos VSI normalmente contiene un archivo .vsi principal, además de carpetas o archivos asociados que contienen mosaicos de imágenes, varias resoluciones, canales, planos de enfoque y metadatos del microscopio. La imagen suele almacenarse como una pirámide teselada y de múltiples resoluciones, en lugar de un único mapa de bits ordinario. Puede encontrar archivos VSI en laboratorios de anatomía patológica, archivos de investigación y conjuntos de datos exportados desde escáneres de portaobjetos de Olympus.

Qué es el formato TIFF

TIFF es un formato de imagen ráster ampliamente compatible, utilizado por ImageJ, Photoshop, software de imágenes científicas, aplicaciones de autoedición y archivos digitales. Admite compresión sin pérdida, altas profundidades de bits, múltiples canales e imágenes grandes; se requiere BigTIFF cuando el resultado supera el límite de tamaño del TIFF clásico, de aproximadamente 4 GB.

TIFF es adecuado cuando necesita un campo de microscopía seleccionado para análisis, una imagen aplanada para edición o una copia de archivo ampliamente compatible. Un TIFF normal no conserva automáticamente todas las características de un portaobjetos virtual VSI, como su pirámide completa, las anotaciones del escáner, los metadatos propietarios o todas las series de enfoque y canales.

Cómo convertir realmente VSI a TIFF

Uso de Fiji y Bio-Formats

1. Instale Fiji, que incluye el importador Bio-Formats. Mantenga el archivo .vsi original y todas las carpetas suministradas con él en la misma estructura relativa.
2. Abra el archivo con File → Open, o utilice Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer, y seleccione el archivo .vsi.
3. En el cuadro de diálogo de importación, seleccione la serie de imágenes necesaria. Un portaobjetos puede mostrar varias series para diferentes resoluciones, canales o planos de enfoque.
4. Elija si desea abrir la imagen de resolución completa o una serie de menor resolución. Para portaobjetos muy grandes, utilice una región de interés o una serie de resolución reducida en lugar de cargar todo el portaobjetos en la memoria.
5. Guarde la imagen seleccionada con File → Save As → TIFF. Si la imagen supera los 4 GB, habilite BigTIFF cuando la versión disponible de Fiji/ImageJ proporcione esa opción, o exporte regiones más pequeñas.

Uso de la línea de comandos de Bio-Formats

Bio-Formats incluye bfconvert, que puede leer muchos conjuntos de datos VSI y escribir resultados TIFF:

bfconvert input.vsi output.tif

Cuando el VSI contiene varias series, inspeccione primero el conjunto de datos con Bio-Formats o Fiji y, a continuación, convierta por separado las series necesarias. Utilice una opción de salida BigTIFF compatible con la versión instalada de Bio-Formats cuando el resultado previsto supere los 4 GB. Conserve el conjunto de datos VSI original, ya que la conversión puede aplanar dimensiones o descartar metadatos específicos del proveedor.

Uso del convertidor en línea

Puede convertir el archivo gratuitamente en 101convert.com sin instalar software. Cargue el archivo VSI, elija TIFF como formato de salida, inicie la conversión y descargue el resultado. Si el VSI hace referencia a datos complementarios, mantenga esos archivos disponibles y utilice Bio-Formats de escritorio si el convertidor del navegador no puede reconstruir el portaobjetos completo.

Calidad, compatibilidad y limitaciones

• Elija compresión TIFF sin pérdida, como LZW o Deflate, cuando sea importante conservar los valores de los píxeles. La compresión JPEG puede introducir artefactos y no es adecuada para la microscopía cuantitativa.
• Compruebe el tipo de píxel exportado. Un VSI en escala de grises de 16 bits o multicanal no debe convertirse involuntariamente a 8 bits, ya que esto reduce la precisión de la intensidad.
• Confirme la escala física después de la exportación. Los metadatos del tamaño de píxel pueden no conservarse en un TIFF aplanado; por ello, conserve por separado la ampliación original y la información de micrómetros por píxel si necesita realizar mediciones.
• Un VSI multicanal o con z-stack puede exportarse como series, páginas o archivos TIFF separados, según la configuración seleccionada de Bio-Formats. Compruebe que todos los canales y planos necesarios estén presentes.
• Los TIFF grandes de portaobjetos completos pueden superar los límites de las aplicaciones o del sistema de archivos. Exportar una región definida, seleccionar una serie de menor resolución o utilizar BigTIFF evita fallos causados por la memoria o por el límite de tamaño del TIFF clásico.