Convertidor online gratuito de CZI a OME.TIFF

Qué es el formato CZI

CZI es el contenedor de imágenes Carl Zeiss utilizado por ZEISS ZEN y sistemas de microscopía relacionados. Puede almacenar adquisiciones multicanal, z-stack, time-lapse, en mosaico, ensambladas y con gran profundidad de bits, junto con metadatos de calibración, objetivo, canal y adquisición. Normalmente se encuentra después de recopilar datos con microscopios ZEISS o recibir conjuntos de datos de un laboratorio que utiliza ZEN.

Qué es el formato OME-TIFF

OME-TIFF es una imagen TIFF acompañada de metadatos OME-XML que describen dimensiones como X, Y, Z, canales, puntos temporales y series de imágenes. Está diseñado para la interoperabilidad con Fiji, Bio-Formats, OMERO, napari, QuPath y otros programas de adquisición de imágenes científicas.

OME-TIFF resulta útil cuando una aplicación no puede abrir CZI, cuando los metadatos deben seguir una especificación abierta o cuando un pipeline de análisis espera una entrada TIFF. Puede conservar datos multipágina y multidimensionales de forma más fiable que la exportación de capturas de pantalla individuales, aunque los metadatos exactos conservados dependen del lector y del escritor.

Cómo convertir CZI a OME-TIFF

Uso de Fiji y Bio-Formats

1. Instala Fiji, que incluye el importador y exportador de Bio-Formats.
2. Abre el archivo de origen con File → Open y selecciona el archivo .czi.
3. En el cuadro de diálogo Bio-Formats Import Options, conserva la estructura multidimensional original cuando sea necesario. Activa View stack with ImageJ o ábrelo como un hyperstack; evita convertirlo en un único plano de 8 bits si la profundidad de bits original es importante.
4. Utiliza Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter.
5. Selecciona OME-TIFF como formato de salida, elige la serie necesaria, establece una compresión sin pérdida como LZW si está disponible y guarda el archivo con un nombre como sample.ome.tiff.
6. Vuelve a abrir el resultado en Fiji y comprueba el número de canales, los cortes Z, los puntos temporales, el tipo de píxel y los tamaños físicos de píxel antes de utilizarlo para el análisis.

Uso de la línea de comandos de Bio-Formats

La utilidad de línea de comandos de Bio-Formats bfconvert es adecuada para conversiones repetibles y procesamiento por lotes. Una conversión básica es:

bfconvert input.czi output.ome.tiff

Para convertir únicamente la primera serie de imágenes y utilizar compresión LZW sin pérdida, usa:

bfconvert -series 0 -compression LZW input.czi output.ome.tiff

Escribe entre comillas las rutas que contengan espacios. Para archivos que contienen varias series, inspecciona cada serie y convierte las necesarias en lugar de asumir que la primera serie contiene el experimento completo. Las opciones exactas de la línea de comandos dependen de la versión instalada de Bio-Formats; ejecuta bfconvert -help para consultarlas.

Uso de 101convert.com

También puedes convertir el archivo en 101convert.com de forma gratuita y sin instalar software. Esta opción resulta práctica para un solo archivo, pero verifica las dimensiones de salida, los metadatos y el tamaño del archivo después de descargarlo, especialmente en el caso de conjuntos de datos de microscopía grandes o archivos que contengan datos de investigación confidenciales.

Calidad, compatibilidad y limitaciones

Elige una compresión sin pérdida como LZW o una salida sin comprimir cuando los valores de píxel deban permanecer sin cambios. La compresión JPEG puede alterar las mediciones cuantitativas y no debe utilizarse para datos de microscopía analítica.

Un CZI puede contener detalles de adquisición propietarios, posiciones de la platina, ajustes del instrumento, anotaciones, miniaturas, archivos adjuntos o varias series relacionadas. OME-TIFF normalmente conserva los planos de imagen y los metadatos OME estándar, pero puede no conservar todos los campos específicos de Zeiss. Conserva el CZI original como archivo maestro de archivo.

Los conjuntos de datos grandes pueden superar los límites del TIFF clásico o generar archivos de salida muy grandes. Utiliza una versión de Bio-Formats compatible con BigTIFF cuando la salida supere los 4 GB y confirma que la aplicación receptora sea compatible con BigTIFF y con la disposición OME-TIFF seleccionada. No aplanes los canales, los cortes Z ni los puntos temporales a menos que el programa de destino requiera una imagen bidimensional.