Convertidor online gratuito de SVS a OME.TIFF

Es posible que los archivos SVS de los escáneres de portaobjetos completos de Aperio no se abran en software que espera el modelo de datos OME. Convertirlos a OME-TIFF facilita el procesamiento del portaobjetos en Fiji, QuPath, OMERO y otros sistemas de microscopía, al tiempo que conserva los datos de imagen en mosaico y multirresolución cuando es compatible.

Qué es el formato SVS

SVS es la variante de Aperio de TIFF piramidal y en mosaico utilizada para portaobjetos de patología digital. Los escáneres de Aperio y Leica Biosystems crean archivos SVS que contienen una imagen de tejido de alta resolución además de niveles piramidales de resolución reducida; un archivo también puede contener imágenes de etiqueta, macro, miniatura u otras imágenes asociadas como series TIFF independientes.

Es habitual encontrar archivos SVS de sistemas Aperio ScanScope, escáneres Leica eSlide, Aperio ImageScope y sistemas de archivo de patología. Aunque SVS se basa en TIFF, sus metadatos específicos del proveedor y la organización de sus imágenes no son gestionados de forma coherente por las aplicaciones TIFF de propósito general.

Qué es el formato OME-TIFF

OME-TIFF almacena datos de imagen TIFF junto con metadatos OME-XML que describen dimensiones, canales, tamaños de píxel físicos, planos e información relacionada de la imagen. Está diseñado para la interoperabilidad con aplicaciones compatibles con Bio-Formats, como Fiji, QuPath, OMERO y muchas canalizaciones de análisis de microscopía.

En la obtención de imágenes de portaobjetos completos, un OME-TIFF puede contener niveles piramidales en mosaico, lo que permite al software mostrar un portaobjetos grande sin cargar el plano de resolución completa en la memoria. OME-TIFF resulta útil cuando una aplicación de patología o microscopía reconoce los metadatos OME, pero no interpreta de forma fiable los metadatos SVS específicos de Aperio.

Cómo convertir SVS a OME-TIFF

Uso de las herramientas de línea de comandos de Bio-Formats

bfconvert de Bio-Formats es la opción de propósito general más directa, ya que lee SVS mediante el lector de Bio-Formats y escribe OME-TIFF. Instale el paquete de herramientas de Bio-Formats y, a continuación, ejecute:

bfconvert -overwrite -compression LZW input.svs output.ome.tiff

Reemplace input.svs por el nombre del archivo de origen y output.ome.tiff por el nombre del archivo de destino. LZW no tiene pérdida y evita añadir artefactos JPEG. Para obtener una salida en mosaico y multirresolución, use las opciones de pirámide compatibles con la versión instalada de Bio-Formats:

bfconvert -overwrite -compression LZW -tilex 256 -tiley 256 -pyramid-resolutions 5 -pyramid-scale 2 input.svs output.ome.tiff

-tilex y -tiley establecen las dimensiones de los mosaicos. -pyramid-resolutions 5 solicita cinco niveles de resolución y -pyramid-scale 2 hace que cada nivel tenga la mitad del ancho y la altura del nivel anterior. Ejecute bfconvert -help para confirmar los nombres de las opciones, ya que varían según la versión de Bio-Formats.

Uso de Fiji

En Fiji, instale o actualice Bio-Formats, abra el archivo mediante File → Open, seleccione el archivo SVS y permita que Bio-Formats Importer abra la serie. Para portaobjetos muy grandes, elija la serie de resolución completa deseada en lugar de la serie de etiqueta o macro. Exporte mediante el comando de exportación de Bio-Formats o TIFF disponible en su instalación de Fiji, seleccione OME-TIFF si se ofrece esa opción y habilite la salida en mosaico o piramidal cuando el exportador proporcione dichas opciones.

Fiji puede requerir una cantidad considerable de memoria al abrir o exportar un portaobjetos completo. La conversión mediante la línea de comandos de Bio-Formats suele ser preferible para archivos SVS muy grandes, ya que evita cargar la imagen completa en la pantalla de Fiji.

Conversión sin software instalado

Puede convertir el archivo gratuitamente en 101convert.com sin instalar software. Cargue el archivo SVS, elija OME.TIFF como formato de salida, inicie la conversión y descargue el resultado. No utilice este método para portaobjetos que contengan información que identifique a pacientes, a menos que el servicio y sus condiciones de gestión de datos cumplan los requisitos de su organización.

Calidad, compatibilidad y limitaciones

• La conversión no puede recuperar los detalles perdidos en la compresión SVS original. Si el origen utiliza mosaicos comprimidos con JPEG, exportar con LZW evita una compresión con pérdida adicional, pero no convierte el origen en un archivo sin pérdida.
• Los metadatos SVS no se asignan perfectamente a OME-XML. Es posible que los campos específicos del escáner, las anotaciones, la información de enfoque, las imágenes macro y las etiquetas propietarias se omitan o se representen de forma diferente.
• Compruebe que la salida contenga la imagen del tejido, los niveles piramidales y cualquier serie de etiqueta o macro necesaria. Algunas aplicaciones seleccionan automáticamente la primera serie y pueden mostrar una imagen asociada en lugar del portaobjetos principal.
• Los archivos OME-TIFF pueden ser muy grandes. Asegúrese de que el sistema de archivos de destino admita archivos grandes y disponga de espacio libre para la imagen de resolución completa y los niveles piramidales; puede ser necesario BigTIFF para salidas que superen el límite de tamaño del TIFF clásico.
• Verifique el resultado en la aplicación que lo utilizará. Compruebe las dimensiones de píxel, la resolución física, el número de canales, la orientación del portaobjetos, la navegación por la pirámide y las anotaciones necesarias antes de eliminar el original SVS.