Convertir NBIB a BIB

PubMed exporta las referencias seleccionadas como .nbib, mientras que LaTeX, Overleaf y muchos gestores de referencias utilizan bases de datos BibTeX .bib. La conversión hace que los registros sean editables y utilizables con BibTeX o flujos de trabajo de citas de biblatex.

Qué es el formato NBIB

NBIB es el formato de citas etiquetado de PubMed, también denominado formato de texto MEDLINE o PubMed. Es un formato de registro de texto sin formato con campos etiquetados como PMID-, TI -, AU -, JT -, DP -, VI -, IP -, PG - y LID - para identificadores como los DOI.

PubMed crea un archivo NBIB después de seleccionar los registros y elegir Send to → Citation manager → Create file. Los usuarios de NCBI, las bibliotecas y aplicaciones como Zotero y EndNote utilizan este formato para intercambiar metadatos bibliográficos. Un archivo NBIB se puede abrir como texto sin formato, pero sus líneas etiquetadas no son directamente válidas en BibTeX.

Qué es el formato BIB

Un archivo .bib suele ser una base de datos BibTeX o BibLaTeX que contiene entradas como @article{smith2024, ...}. BibTeX, BibLaTeX con Biber, JabRef, Zotero, Overleaf y muchos editores de LaTeX pueden leerlo.

BibTeX almacena campos estructurados, incluidos autores, título, revista, año, volumen, páginas, DOI, URL, resumen y una clave de cita. El formato de texto sin formato permite realizar búsquedas, editarlo y transportarlo fácilmente, y es independiente del documento que lo cita. La conversión puede conservar los metadatos, pero no puede añadir el artículo a texto completo ni un archivo adjunto que falte.

Convertir con Zotero

1. Instala Zotero para Windows, macOS o Linux desde el sitio web oficial de Zotero.
2. Abre File → Import, selecciona el archivo NBIB y elige la opción de importación MEDLINE o PubMed si Zotero solicita un formato. Usa All files en el selector de archivos si .nbib está oculto.
3. Comprueba los registros importados, especialmente los nombres de los autores, los títulos, las fechas de publicación, los intervalos de páginas, los PMID y los DOI.
4. Selecciona los elementos o la colección necesarios y, a continuación, elige File → Export Library o haz clic con el botón derecho en la selección y elige Export Items.
5. Elige BibTeX o BibLaTeX, selecciona las opciones de notas o archivos necesarias para el flujo de trabajo y guarda la exportación con una extensión .bib.

Zotero suele ser el método local más sencillo porque analiza los campos etiquetados de PubMed antes de exportarlos. Si faltan metadatos, utiliza Add Item by Identifier de Zotero con el PMID o DOI y, antes de exportar, compara el registro reemplazado con la fuente de PubMed. La extensión Better BibTeX añade claves de cita configurables y repetibles, además de exportación automática, pero es opcional.

Usar Bibutils para la conversión por lotes

Bibutils es adecuado para la conversión local mediante scripts o a gran escala. Sus etapas de MEDLINE a XML y de XML a BibTeX se pueden utilizar como una canalización:

med2xml references.nbib | xml2bib > references.bib

Instala Bibutils mediante el gestor de paquetes del sistema operativo o su distribución oficial. Consulta med2xml --help si la versión instalada requiere argumentos de entrada y salida explícitos. Bibutils puede asignar menos campos específicos de PubMed que Zotero, por lo que debes revisar las entradas generadas antes de utilizarlas.

Opciones en línea para conjuntos pequeños y no confidenciales

Para una lista pequeña de referencias, ZoteroBib o la herramienta web PMID-to-BibTeX de Paperpile pueden buscar los PMID y generar BibTeX sin requerir una aplicación local. Por lo general, estos servicios aceptan PMID o identificadores en lugar de convertir un archivo NBIB cargado; pega los identificadores, exporta BibTeX y verifica los resultados. No cargues bibliografías privadas, inéditas o confidenciales cuando sea posible realizar una conversión local.

Comprobar los registros exportados

• Algunos registros NBIB omiten el DOI, el número, las páginas, el resumen o los campos completos de fecha de publicación. Una búsqueda mediante DOI o PMID puede completar las lagunas, pero los metadatos recuperados aún deben compararse con el registro de origen.
• El formato de autores de PubMed puede producir autores personales o institucionales incorrectos después de la conversión. Coloca un autor institucional entre llaves adicionales, por ejemplo author = {{World Health Organization}}, y comprueba el apellido, las iniciales y el orden de los autores.
• Protege con llaves de BibTeX las mayúsculas que deban permanecer sin cambios, como los símbolos genéticos, los acrónimos y los nombres propios: title = {Effects of {DNA} repair}.
• Los caracteres Unicode, los guiones en, los subtítulos, los nombres con diacríticos y las escrituras no latinas pueden requerir compatibilidad con UTF-8 en el motor de LaTeX, el procesador bibliográfico y el editor. Usa pdflatex con la configuración de codificación adecuada o un motor Unicode como XeLaTeX o LuaLaTeX.
• Los distintos exportadores generan claves de cita diferentes. Cambiar una clave después de insertar las citas puede romper las referencias en archivos de LaTeX existentes; utiliza claves estables antes de escribir las citas.
• Conserva el PMID o DOI en la entrada exportada cuando sea posible. Estos identificadores proporcionan una forma fiable de localizar y corregir un registro posteriormente.