Convertir NBIB a BIBTEX

Los editores de LaTeX, los proyectos de Overleaf y algunos flujos de trabajo de envío a revistas requieren una base de datos BibTeX en lugar del archivo .nbib descargado de PubMed. La conversión de los registros crea un archivo .bib editable para las citas, conservando los metadatos de publicación disponibles.

Qué es el formato NBIB

NBIB es el formato de citas etiquetadas de PubMed, basado en la estructura de los registros de MEDLINE. PubMed lo crea mediante Save → Citation manager; los archivos suelen utilizar la extensión .nbib y contienen etiquetas para el PMID, los autores, el título, la revista, la fecha de publicación, el volumen, el número, las páginas, el DOI y otros datos del registro.

Los gestores de referencias utilizan NBIB principalmente para importar resultados de PubMed. Es texto plano, pero sus etiquetas de campo y su estructura de registros no se pueden utilizar directamente como una base de datos BibTeX.

Qué es el formato BibTeX

BibTeX almacena referencias como entradas, por ejemplo @article{key, ...}, en un archivo de texto plano .bib. LaTeX, Overleaf, JabRef y muchos gestores de referencias utilizan estas entradas para generar citas y bibliografías.

Entre los tipos de entrada comunes se incluyen @article, @book y @inproceedings. Cada entrada tiene una clave de cita utilizada por comandos como \cite{key}. Un archivo BibTeX es portable y editable, pero el resultado convertido depende de los metadatos presentes en los registros NBIB.

Convertir con Zotero

1. Instala Zotero desde el sitio web oficial de Zotero y ábrelo.
2. Selecciona File → Import, elige la opción para importar un archivo y abre el archivo .nbib. Si Zotero solicita un formato, selecciona el importador de PubMed o MEDLINE.
3. Revisa los elementos importados, incluidos los nombres de los autores, los títulos, las fechas, los intervalos de páginas, los títulos de las revistas y los valores DOI.
4. Selecciona los elementos o la colección y, a continuación, elige File → Export Library o haz clic derecho en la selección y elige Export Items.
5. Selecciona BibTeX, establece un nombre de archivo que termine en .bib y guarda la exportación.

Zotero es adecuado para conversiones ocasionales porque permite corregir los registros antes de exportarlos. La extensión Better BibTeX for Zotero añade una generación configurable de claves de cita y resulta útil para bibliotecas que se exportarán repetidamente; es una extensión de terceros, no forma parte de la instalación principal de Zotero.

Convertir con Bibutils

Bibutils es adecuado para el procesamiento repetible desde la línea de comandos o por lotes. Su utilidad med2xml lee registros etiquetados con el estilo de MEDLINE, y xml2bib convierte el XML MODS intermedio a BibTeX.

Ejecuta:

med2xml input.nbib > intermediate.xml
xml2bib intermediate.xml > output.bib

Estos comandos funcionan en shells de macOS y Linux, así como en Windows PowerShell, cuando Bibutils está instalado y sus ejecutables se encuentran en la ruta del sistema. De lo contrario, proporciona las rutas completas de los ejecutables. Abre output.bib en JabRef, Zotero o un editor de texto y comprueba los registros antes de citarlos.

Utilizar un servicio en línea

El convertidor en línea de PMID a BibTeX de Paperpile resulta útil cuando los registros se identifican mediante identificadores PMID, en lugar de cuando es necesario convertir por lotes un archivo NBIB local. Copia los PMID de los registros NBIB en el convertidor, genera las entradas BibTeX y guarda el resultado como .bib. Verifica los metadatos devueltos, ya que el servicio recupera registros actuales y puede producir campos diferentes de los de la descarga NBIB original.

Los servicios en línea deben limitarse a referencias no confidenciales. Sus políticas de carga, conservación y asignación de campos varían; utiliza Zotero o Bibutils para registros no publicados, restringidos o sensibles desde el punto de vista de la privacidad.

Comprobar la base de datos convertida

• Datos faltantes: Los registros NBIB pueden omitir resúmenes, intervalos completos de páginas, información del número, identificadores ORCID o valores DOI. La conversión no puede reconstruir campos que estaban ausentes en el origen.
• Nombres de los autores: PubMed suele proporcionar iniciales en lugar de nombres completos. Comprueba los sufijos, las partículas y los autores institucionales, que los importadores pueden interpretar incorrectamente.
• Claves de cita: Busca claves duplicadas, especialmente entre artículos con el mismo primer autor y año de publicación. Regenera o edita las claves antes de compilar el documento.
• Mayúsculas: Protege con llaves los nombres sensibles a las mayúsculas, las siglas, los símbolos de genes y las fórmulas químicas, por ejemplo title = {Effects of {DNA} repair}.
• Caracteres especiales: Compila un documento de prueba después de la exportación. Los caracteres acentuados, los signos de ampersand, los signos de porcentaje, los guiones bajos y otros caracteres sensibles a LaTeX pueden requerir escape o una configuración UTF-8 adecuada.
• Tipos de entrada: Los tipos de publicación de PubMed no siempre se corresponden perfectamente con los tipos de BibTeX. Inspecciona las revisiones, los editoriales, las cartas, las directrices y el material de conferencias en lugar de suponer que cada registro debe ser @article.