Convertidor online gratuito de NBIB a CSV

PubMed y otros servicios de NCBI exportan registros bibliográficos como NBIB, mientras que las hojas de cálculo, las bases de datos y las herramientas de análisis suelen requerir CSV. Convertir el archivo facilita ordenar, filtrar, editar e importar las citas sin copiar los campos manualmente.

Qué es el formato NBIB

NBIB es un formato bibliográfico de texto sin formato basado en registros MEDLINE etiquetados. Los usuarios de PubMed y los investigadores de medicina, ciencias de la vida y otros campos académicos utilizan este formato para intercambiar referencias con software de gestión de citas. Un registro contiene etiquetas como PMID- para el identificador de PubMed, TI - para el título, AU - para un autor, DP - para la fecha de publicación y AB - para el resumen.

PubMed crea archivos .nbib mediante Send to → Citation manager. El formato admite etiquetas repetidas y líneas de continuación, por lo que una cita puede contener varios autores, términos MeSH, identificadores de artículos y líneas de texto del resumen. Un editor de texto puede mostrar un archivo NBIB, pero su estructura etiquetada y de varias líneas resulta poco práctica para la edición tabular.

Qué es el formato CSV

CSV es un formato de texto delimitado en el que cada fila representa un registro y cada columna representa un campo. Un CSV de citas puede tener columnas para PMID, título, autores, revista, fecha de publicación, resumen, DOI y tipo de publicación.

CSV es compatible con Microsoft Excel, LibreOffice Calc, Google Sheets, bases de datos y bibliotecas de programación. Es útil para filtrar, eliminar duplicados, generar informes e importar citas en sistemas que no leen NBIB. CSV no tiene un esquema fijo: el convertidor debe decidir qué etiquetas NBIB se convierten en columnas, y los programas de hojas de cálculo pueden utilizar un delimitador de punto y coma en algunas configuraciones regionales.

Convertir NBIB a CSV en línea

Puedes convertir el archivo en 101convert.com de forma gratuita y sin instalar software. Sube el archivo .nbib, elige CSV como formato de salida, inicia la conversión y descarga el archivo .csv resultante. Abre el resultado y revisa los nombres de las columnas y varios registros antes de utilizarlo para el análisis.

No subas datos bibliográficos inéditos o confidenciales a un servicio en línea a menos que sus políticas de gestión y eliminación sean aceptables. Para un procesamiento privado o repetible, utiliza un script local.

Convertir NBIB a CSV con Python

Biopython puede analizar etiquetas NBIB/MEDLINE, mientras que el módulo estándar csv de Python gestiona correctamente las comas, las comillas y los saltos de línea.

1. Instala Biopython con python -m pip install biopython.
2. Guarda el siguiente código como nbib_to_csv.py.
3. Ejecuta python nbib_to_csv.py input.nbib output.csv.

import csv
import sys
from Bio import Medline

fields = [
    ("PMID", "PMID"),
    ("Title", "TI"),
    ("Authors", "AU"),
    ("Journal", "JT"),
    ("Publication date", "DP"),
    ("Abstract", "AB"),
    ("DOI", "LID"),
    ("Article ID", "AID"),
    ("Publication types", "PT"),
    ("MeSH terms", "MH"),
]

def value(record, tag):
    item = record.get(tag, "")
    if isinstance(item, list):
        return "; ".join(str(x) for x in item)
    return str(item)

with open(sys.argv[1], encoding="utf-8") as source, open(
    sys.argv[2], "w", newline="", encoding="utf-8-sig"
) as target:
    writer = csv.writer(target)
    writer.writerow([name for name, tag in fields])
    for record in Medline.parse(source):
        writer.writerow([value(record, tag) for name, tag in fields])

La codificación utf-8-sig ayuda a que las versiones antiguas de Excel reconozcan los caracteres no ASCII. Añade campos como TA para la abreviatura de la revista, FAU para los nombres completos de los autores o PMC para un identificador de repositorio cuando esas etiquetas existan en el origen.

Comprobaciones de calidad y compatibilidad

Los registros NBIB no contienen todos las mismas etiquetas. Las etiquetas que faltan se convierten en celdas CSV vacías, y las etiquetas repetidas deben combinarse en lugar de reducirse al primer valor. El script une los autores, los términos MeSH y los identificadores repetidos con puntos y coma; el uso de comillas en CSV conserva las comas, las comillas y los saltos de línea de los resúmenes y títulos.

Un DOI puede almacenarse en LID con un sufijo como [doi], por lo que debes eliminar dicho sufijo únicamente si el sistema de destino requiere un DOI sin formato adicional. Comprueba el PMID, el DOI, el autor, la fecha, el resumen y el número de filas después de la conversión. CSV no conserva inherentemente las etiquetas NBIB, el orden de los campos, la estructura de los campos repetidos ni las distinciones entre diferentes tipos de identificadores, a menos que la exportación defina columnas separadas para ellos.