Convertir FASTA a AB1

Una aplicación de secuenciación puede requerir un cromatograma .ab1 cuando hay disponible un archivo FASTA, o un laboratorio puede necesitar compartir la evidencia original de Sanger en lugar de solo su secuencia de consenso. Estos archivos no son equivalentes: FASTA contiene letras, mientras que AB1 puede contener datos medidos del electroferograma.

Qué es el formato FASTA

FASTA es un formato de secuencia de texto sin formato. Un registro tiene un encabezado que comienza con >, seguido de letras de nucleótidos o aminoácidos, normalmente distribuidas en varias líneas.

Los investigadores, las instalaciones de secuenciación, los navegadores de genomas, las bases de datos, los programas de alineamiento, las herramientas de diseño de cebadores, los ensambladores y las utilidades de línea de comandos utilizan FASTA para el intercambio y el análisis de secuencias. Por lo general, FASTA no contiene trazas de electroferograma, intensidades de los canales de colorantes, posiciones de los picos, valores de calidad por base, configuraciones del instrumento ni metadatos de la ejecución.

Qué es el formato AB1

AB1, también denominado ABI o ABIF, es un formato binario de cromatograma asociado con los instrumentos de secuenciación de Applied Biosystems y con software de secuenciación Sanger compatible. Un archivo AB1 puede contener las trazas de los cuatro canales de colorantes, las bases llamadas, las puntuaciones de calidad, las ubicaciones de los picos, la información de la muestra y los parámetros de la ejecución; los registros exactos dependen del instrumento y del software que lo hayan creado.

Los visores y editores de cromatogramas, como FinchTV, Chromas, 4Peaks, SnapGene y Geneious Prime, pueden abrir muchos archivos AB1. Pueden mostrar la separación de los picos y las llamadas ambiguas, permitir la edición de secuencias y exportar una secuencia de consenso como FASTA. Conserve el AB1 original, porque un FASTA exportado no mantiene la traza medida.

Por qué la conversión directa no funciona

No existe una conversión sin pérdida de FASTA a AB1. Una secuencia FASTA no contiene la señal experimental necesaria para reconstruir un cromatograma auténtico. El software puede escribir un archivo binario o simular picos en algunos flujos de trabajo especializados, pero un archivo sintético no constituye evidencia de una ejecución de secuenciación y debe etiquetarse como simulado.

Cómo gestionar la conversión

1. Compruebe primero el software receptor. Use File → Open o File → Import y seleccione el archivo FASTA si el texto de la secuencia es suficiente. Muchos programas de análisis aceptan FASTA directamente y no requieren AB1.
2. Solicite el cromatograma de origen. Si el FASTA proviene de una secuenciación Sanger, solicite a la instalación de secuenciación los archivos .ab1 correspondientes, preferiblemente junto con los identificadores de las muestras y la secuencia de consenso. Los archivos AB1 generados por la instalación contienen la traza original y la información de asignación de bases.
3. Inspeccione y edite el AB1 auténtico. Ábralo en FinchTV, Chromas, 4Peaks, SnapGene o Geneious Prime. Compruebe los extremos de baja calidad, los picos mezclados, las manchas de colorante y las posiciones ambiguas antes de exportar una secuencia de consenso editada a FASTA.
4. Utilice las herramientas FASTA únicamente para operaciones de secuencia. Biopython, EMBOSS y SeqKit pueden analizar, validar, reformatear o convertir texto de secuencia. Por ejemplo, seqkit seq input.fasta > output.fasta vuelve a escribir un archivo FASTA; no crea datos de trazas AB1.
5. Acuerde un sustituto si la traza de origen no está disponible. Envíe el archivo FASTA o solicite al destinatario que acepte un cromatograma simulado. No presente un AB1 simulado como un resultado de secuenciación medido.

Opciones en línea y de escritorio

Ningún convertidor en línea de uso general y de buena reputación puede convertir un FASTA que contiene únicamente una secuencia en un cromatograma ABI auténtico, porque la señal que falta no se puede recuperar. Los validadores o reformateadores de FASTA en línea, incluidos los servicios basados en EMBOSS o Galaxy, pueden limpiar e inspeccionar el texto de la secuencia, pero no pueden cumplir un requisito de datos AB1 medidos.

Para secuencias confidenciales, no publicadas o relacionadas con pacientes, utilice software local en lugar de cargar archivos en un sitio de conversión no verificado. Un editor de cromatogramas de escritorio es apropiado cuando existe un AB1 original; no puede recrearlo a partir de un FASTA de consenso.

Limitaciones de compatibilidad

AB1 es un archivo binario ABIF, no una secuencia de texto con una extensión diferente. Cambiar el nombre de sequence.fasta a sequence.ab1 deja el contenido sin cambios y normalmente hace que una aplicación informe de que el archivo está dañado o no es compatible.

Algunos programas solo leen determinados registros ABIF o permiten visualizar, pero no editar ni exportar. Mantenga el archivo original sin cambios, pruebe el archivo resultante en el software del destinatario y proporcione el FASTA por separado para las aplicaciones que solo necesiten la secuencia asignada.